ГЕО: Врх у облику пирамиде — ретка морфолошка појава; псеудокарстне каменице су регистроване на Мркоњском вису и овај податак је значајан јер се ради о трећем регистрованом локалитету у Србији.

Флора: Утврђено је присуство 95 врста биљака од чега 39 врста од посебног националног и међународног значаја; значајни примери: Dianthus pinifolius, Dianthus tenuiflorus, Iris reichenbachii, Crocus alexandri, Trifolium velenovskyi.

Фауна: На јужним падинама овог планинског узвишења, изузетно термофилна станишта пружају услове за опстанак многим врстама херпетофауне, као што су кратконоги гуштер, зелембаћ, поскок и друге: На самом врху Мркоњског виса пронађени су примерци грчке жабе (Rana graeca), док је у нижим деловима забележен велики број шумских корњача (Testudo hermanni).

Птице: Истраживањем птица ширег простора заштићеног подручја СП „Мркоњски вис“ евидентирано је присуство 67 врсте птица; значајне: Ciconia nigra – црна рода, Pernis apivorus – осичар, Dendrocopos medius, Dryocopus martius – средњи детлић, Falco peregrinus – сиви соко, Lanius collurio – руси сврачан.

Eколошки значај: Мркоњски вис представља рефугијум великом броју реликтних врста биљака  (шуме црног граба и црног јасена, шуме црног граба и мечје леске, шума јасена, мечје леске и других врста, шуме храстова, мечје леске и других врста).

С обзиром на типове шумских фитоценоза, забележене су одређене биљне врсте од националног значаја, као што су: гнездовица (Neottia nidus-avis), мечја леска (Corylus colurna), кострика (Ruscusaculeatus), језичаста кострика (Ruscus hypoglossum) и др

Са самог врха Мркоњског виса пружа се поглед према планинама југоисточне Србије: Шар планини, Копаонику, Јастребцу, Кукавици, Старој планини, Сувој планини, Голији и Златибору.